Aki-Sora dreier seg om Aki Aoi og Sora Aoi, et søskenpar som har hatt et intimt bånd siden barndommen. I løpet av oppveksten innser de begge den sanne dybden av kjærligheten de føler for hverandre og fullbyrder denne kjærligheten i hemmelighet. De holder sin yngre søster, Nami, Soras tvilling, uvitende om det nye forholdet deres. Nami, som ikke vet hva som skjer i husstanden hennes, prøver å sette broren sin sammen med sin beste venn, Kana Sumiya. Til tross for disse forholdene ser det ut til at Nami også har følelser for noen som står henne nær, men holder dem hemmelige.
