Aki-Sora draait om Aki Aoi en Sora Aoi, een hechte broer en zus die al sinds hun kindertijd een intieme band delen. Tijdens hun adolescentie beseffen ze beiden de ware diepte van hun liefde voor elkaar en bezegelen ze die liefde in het geheim. Ze houden hun jongere zusje, Nami, Sora's tweelingzus, in het ongewisse over hun nieuwe relatie. Nami, die geen idee heeft wat er thuis speelt, probeert haar broer te koppelen aan haar beste vriendin, Kana Sumiya. Ondanks deze relaties lijkt Nami zelf ook gevoelens te hebben voor iemand in haar omgeving, maar ze houdt die geheim.
