フリフレ The Animationの続編。
母が突然他界した篠崎すみれは、孤独で生きる術も失ってしまう。絶望の淵に立たされた彼女は、金を稼ぐため掲示板「フリーフレンズ」を利用する。そして、初めてのパートナーである海人とは、見知らぬ者同士以上の関係になっていく。
彼の悩みは根深いコンプレックスに由来する。それは、スミレのことを考えたり見たりすることで生じる、空虚で切望する感情である。スミレ、または「すみれ」は、両親が離婚した幼少期に離れ離れになった妹を思い出させる。女性の身体に身を委ねることによってのみ、彼はその執着心と懐かしさから逃れることができる。
新学期が始まる直前、アカデミーの有名なすみれ色の花壇（当時はまだ花が咲いていなかったにもかかわらず）を思い出すだけで、カイトはフリーフレンズに向かいます。一見すると日常的なやり取りでしたが、彼を待っている女の子にはまったく準備ができていません。その女の子は「スミ」という仮名の、本当に素晴らしい美女でした。
数日後、カイトは「スミ」が自分が教えている学校の生徒であるだけでなく、クラスメイトから「スミレ」と呼ばれていることを知る。信じられない思いで、カイトは学校の名簿を確認する。まさか自分が知っているスミレではない。同じ名前のただの少女に違いない。しかし、まるで宇宙最大のオチを用意するかのように、学校にいた唯一のスミレは、まさにカイト自身の実の妹、篠崎スミレだった。いつか妹と再会するというカイトの夢は、実は既に実現していたのだ…ただ、想像もしていなかった形で。
