Aki-Sora kertoo Aki Aoista ja Sora Aoista, läheisistä sisaruksista, joita on yhdistänyt intiimi side lapsuudesta asti. Kasvaessaan he molemmat ymmärtävät toisiaan kohtaan tuntemansa rakkauden todellisen syvyyden ja toteuttavat sen salassa. He pitävät nuoremman sisarensa, Soran kaksoissisaren Namin, pimennossa uudesta suhteestaan. Nami, joka ei ole tietoinen taloudessaan tapahtuvasta, pyrkii saattamaan veljensä yhteen parhaan ystävänsä Kana Sumiyan kanssa. Näistä suhteista huolimatta Namilla näyttää olevan tunteita jotakuta läheistä kohtaan, mutta hän pitää ne salassa.
